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Mass Spectrometry Analysis

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LC-MS/MS

使用设备

  • LC-ESI-MS/MS, Thermo LTQ Orbitrap XL with ETD System
  • Q-STAR Applied biosystems, Inc.
  • Q-TOF Waters

lc-ms/ms

特点

  • LC-MS执行过程中最为敏感灵活的高性能设备
  • 可利用Turbo SEQUEST® software,进行混合物蛋白质分析
  • 连接Nano LC和自动化MS
  • 敏感度 : fmol范围

应用

1. IP、Pull-down 试料的SDS-PAGE蛋白质band分析
2. 混有多种蛋白质的试料(凝胶、溶液)
3. MALDI-TOF 鉴定失败与验证结果
4. 在DB中作为EST存在可能性较高的试料
5. 确认发现基因重组蛋白质(在SDS-PAGE中分离whole lysate,确认发现与否)

MALDI-TOF

使用设备

  • MALDI-MS, Applied Biosystems Voyager-DE STR
  • MALDI-MS, Bruker Daltonics microflex LRF20

maldi-tof

特点

  • 全程与数据处理自动化
  • 构筑高准确度和post-source decay (PSD)
  • 采用DataExplore™ software,进行灵活数据处理与搜索
  • 敏感度: fmol范围
  • 精确度: < 10 ppm

应用

1. 2DE spot或者purity较高的单一蛋白质鉴定
2. 确认蛋白质分子量(M.W); Intact Mass service
3. 检测出与Modification有关的mass
– 利用不同种类Modification蛋白质分子量会产生一定变化的原理进行分析

Peptide Mass FingerPrinting

Proteome Tech拥有MALDI-TOF MS (Applied Biosystems Voyager-DE STR),将提炼的蛋白质或者2DE蛋白质spot在In-gel状态或者溶液状态下,通过trypsin等进行加水分解后,利用MALDI-TOF MS获取肽指纹图谱(peptide mass fingerprinting)信息与data base进行比较分析,从而鉴定靶蛋白。

peptide

Protein Identification

针对从2DE图片中寻找到的特殊蛋白质spot的确认与鉴定,采用MALDI-TOF或者LC-MS/MS方式。

为了保证最佳蛋白质鉴定成功率,建议按1 unit pH单位分离的2DE,利用Coomassie blue G250或者Sypro-Ruby staining进行染色spot分析。(鉴定成功率为90%以上)

凝胶的silver staining在不得已情况下,必须采用MALDI compatible silver staining方法。(鉴定成功率为60%左右)

另外,利用此种方式获取的spot进行委托鉴定时,在配送试料前请务必要咨询Proteome Tech负责人

protein

Intact Mass Measurement

通常利用SDS-PAGE确认一般蛋白质的分子量,但分子量差异不大时较难进行确认。

因此,利用MALDI-TOF不仅可以确认各种蛋白质的分子量,还能确认特定分子量的变化。

intact

De novo peptide sequencing

针对新蛋白质或者数据库中不存在的蛋白质进行分析时所采用的方法。针对Peptide碎片重新施加物理性或者电击,重组成一个氨基酸级并了解其序列信息的方法。

Proteome Tech拥有LC coupled ESI-MS/MS Thermo LTQ Orbitrap XL with ETD System),可将提炼的蛋白质或者2DE蛋白质spotIn-gel状态或者溶液状态下,通过trypsin等进行加水分解后,获取peptide化蛋白质的部分氨基酸序列信息,将此信息与原有data base进行比较、分析,从而鉴定靶蛋白。

通常会对3个以上peptide的氨基酸序列进行分析后提供服务,每个peptide可确认的氨基酸序列平均为814个。

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